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-综合管理部-
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-党建工作部-
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科技管理处
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-人力资源部-
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财务资产处
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-钍基核裂变能全国重点实验室
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-钍基核能物理中心-
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熔盐机械工程技术部
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仪控工程技术部
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熔盐化学工程技术部
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-核能综合利用研究中心-
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特种堆技术研究室
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材料研究部
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钍铀循环化学部
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应用化学技术部
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氚科学与工程技术部
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核与辐射安全技术部
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建安工程技术部
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应用加速器技术部
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反应堆运行技术部
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-项目管理中心-
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-国家制氢装备及安全质量检验检测中心
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-所级公共技术中心
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-辐射安全检测中心
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-核能科学分析测试中心
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-核电站仪表辐照试验室
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-制氢材料与氢能产品检验检测中心
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-信息中心
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-综合保障中心
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-日环科技投资公司
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-武威园区管理办公室
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-武威园区安保办公室
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标识整体造型质朴简约、静动相生、线条流畅，富有动感，具有极强烈的时代感和视觉冲击力，传达出了一个现代化研究所的崭新形象。
线条和环形代表了加速器的两种基本工作模式。三个弧形线条寓意了应用物理所的三个层次的工作和三个学科领域。弧线暗示着物质的流动，事物的延续。向上突破的造型，犹如一种能量的迸发，冲破束缚，攀登科学的新高峰。又从另一方面体现出了应用物理所人积极进取的向上精神。三条色彩从圆环中冲出、象征着创新、突破和进取。
整体外形好似英文字母“A”和“P”，突出了“应用”（Applied）、“物理”（Physics）所的学科特点——格物致用。
标识以光的三原色红、绿、蓝为主色，一方面体现了应用物理所红墙绿树的研究所（科技蓝）园区风光，另一方面寓意着应用物理所多学科交叉的研究方向。
